建院以来，资源与环境创新研究院积极开展环境保护领域的国际、国内合作与交流。现已与清华大学、武汉大学、东京大学、日本东京工业大学、日本北九州市立大学、日本国立千叶大学、东京理工大学等国内外知名智库、高校及研究机构建立了稳固友好的合作关系，围绕环境与资源创新大课题，常态化举办各种高层次的中外论坛、专业研讨会和讲座，就环境领域的新课题展开沟通和对话，讨论世界关切的环境领域重大议题。
此外，研究院以国家战略需求和行业技术需求为导向，瞄准环境领域科技发展前沿，发挥学科智库作用，展开社会服务活动。研究院现与中国城市建设研究院共建环境工程技术研发基地，与大地国际集团共建研发基地，与南浔区人民政府共建山建大院士协同创新中心等，实现产学研共赢发展。
